Jurusan Budidaya Perairan terbagi menjadi 5 keahlian yang direpresentasikan berdasarkan pembagian laboratorium, yaitu :
1.Laboratorium Pembenihan dan Pemuliaan Ikan (PPI)
Laboratorium ini merupakan labor penghasil benih ikan, berkaitan dengan teknik rekayasa sistem reproduksi, pemijahan, penetasan, pemeliharaan larva dan rekayasa genetika.
2. Laboratorium Nutrisi Ikan
Laboratorium ini merupakan labor yang kegiatannya berkaitan dengan pembuatan pakan ikan, formulasi pakan ikan serta manajemen pemberian pakan.
3. Laboratorium Teknologi Budidaya Perikanan
Laboratorium ini menghasilkan ilmu dan teknologi yang berkaitan dengan sistem budidaya ikan (sistem resirkulasi akuaponik, teknik bioflok) sehingga menghasilkan produksi ikan yang optimal.
4. Laboratorium Mutu Lingkungan Budidaya
Kegiatan laboratorium ini menghasilkan ilmu dan teknologi perbaikan kualitas air dan lingkungan perairan yang optimal untuk budidaya ikan.
5. Laboratorium Parasit dan Penyakit Ikan
Laboratorium ini menghasilkan ilmu dan teknologi pencegahan parasit dan penyakit ikan serta penanggulangan penyakit ikan.
